Maiselova synagoga byla postavena v letech 1590-92 na základě privilegia císaře Rudolfa II. Jejím zakladatelem byl primas pražského Židovského města Mordechaj Maisel.
Na svou dobu neobvyklý trojlodní chrám v renesančním stylu zbudovali stavitel Juda Coref Herz a Josef Wahl.
Roku 1689 synagoga při požáru ghetta vyhořela a následně byla několikrát přestavěna. Do současné novogotické podoby byla obnovena podle projektu A. Grotta v letech 1893 - 1905.
Restaurování omítek se zdobnými štukovými prvky v exteriéru a interiéru včetně zlacení, restaurování kamenných a kovových prvků